Gimp et Inkscape fonctionnent sur MacOS X, via X11. Le problème, c'est que dans la configuration par défaut, les clics ne parviennent à une fenêtre que si elle est au premier plan. Il faut donc deux clics, pour, disons, sélectionner un outil : un pour activer la boîte à outils, un pour sélectionner l'outil.

Voici le paramètre à modifier pour mettre en place une configuration plus raisonnable :

defaults write com.apple.x11 wm_click_through -bool true